Maahad Tahfiz
Maahad tahfiz memberi penekanan kepada penghafazan al-Quran 30 juzuk. Terdapat 1,508 maahad tahfiz berdaftar di Malaysia. Kebanyakan menggunakan gabungan kurikulum JAKIM, kebangsaan, dan tahfiz. Pelajar biasanya tinggal di asrama dengan jadual pengajian yang intensif — bermula seawal subuh hingga selepas Isyak.
Lihat senarai penuh maahad tahfiz
Sekolah Pondok / Madrasah
Sekolah pondok ialah institusi pendidikan Islam tradisional Malaysia. Terdapat 331 sekolah pondok berdaftar. Pengajian berfokus kepada kitab-kitab klasik (kitab kuning) dalam bidang fiqh, tauhid, tasawwuf, dan bahasa Arab. Sistem pondok biasanya diketuai oleh seorang tok guru yang menjadi rujukan utama pelajar.
Sekolah Agama Negeri (SAN)
SAN ditadbir oleh Jabatan Agama Islam Negeri (JAIN) di setiap negeri. Terdapat 1,723 SAN merangkumi Sekolah Rendah Agama Negeri (SRAN), Sekolah Menengah Agama Negeri (SMAN), dan Sekolah Agama Bantuan Kerajaan (SABK — 130 buah). SAN mengikuti kurikulum gabungan agama negeri dan kebangsaan, membolehkan pelajar menduduki SPM.
Sekolah Agama Rakyat (SAR)
SAR ditubuhkan oleh masyarakat setempat untuk menyediakan pendidikan Islam di peringkat komuniti. Terdapat 448 SAR berdaftar. SAR mendapat sokongan daripada ahli kariah, jawatankuasa masjid, dan badan kebajikan tempatan. Kurikulum SAR berbeza mengikut negeri dan pengasas.