Sekolah Agama Negeri (SAN)
Sekolah agama negeri ditadbir oleh Jabatan Agama Islam Negeri (JAIN) dan disubsidi oleh kerajaan negeri. Kebanyakannya percuma atau mengenakan yuran tahunan nominal antara RM50 hingga RM500, bergantung kepada negeri dan peringkat pengajian (rendah atau menengah). Senarai penuh terdapat di halaman sekolah agama negeri.
Sekolah Agama Rakyat (SAR)
SAR ditubuhkan dan dibiayai oleh masyarakat setempat, jadi yurannya bergantung kepada sumbangan komuniti — kebiasaannya antara RM20 hingga RM50 sebulan. Sesetengah SAR menerima bantuan kerajaan negeri atau badan zakat untuk menampung kos operasi.
KAFA
Kelas Al-Quran dan Fardhu Ain ialah program kerajaan yang dikendalikan bersama JAKIM dan JAIN, jadi ia percuma atau dikenakan kadar nominal sahaja, berbeza mengikut negeri. Pusat KAFA swasta atau integrasi yang beroperasi di luar rangkaian JAIN menetapkan yuran sendiri. Latar belakang program ini diterangkan dalam panduan apa itu KAFA.
Maahad Tahfiz Swasta
Maahad tahfiz swasta menanggung kos operasi sendiri, jadi yurannya paling tinggi dalam kalangan sekolah agama. Struktur biasa merangkumi yuran pendaftaran sekali sahaja, yuran bulanan antara RM900 hingga RM1,400 bagi institusi berasrama penuh, dan yuran tahunan antara RM500 hingga RM800 untuk penyelenggaraan serta kokurikulum. Bandingkan institusi di halaman senarai maahad tahfiz berdaftar sebelum membuat pilihan.
Bantuan dan Ansuran
Kebanyakan institusi menawarkan bayaran ansuran bulanan untuk meringankan beban. Murid yang memerlukan boleh memohon bantuan melalui badan zakat negeri, yayasan pendidikan negeri, atau penaja komuniti yang bekerjasama dengan pihak sekolah. Semasa mendaftar, tanya terus tentang pilihan bantuan — kebanyakan sekolah tidak menghebahkannya secara terbuka. Senarai dokumen dan proses kemasukan terdapat dalam panduan pendaftaran sekolah agama di Malaysia.